Zakariassen forsker på hvordan organiseringen av de akuttmedisinske tjenestene utenfor sykehuset virker. Luftambulanse, legevakt og AMK/indeks er områdene for forskningen. Spesialisthelsetjenesten og primærhelsetjenesten er to forvaltningsnivåer som begge har et likeverdig ansvar for den akutt syke og skadete pasienten. Det er flere problemområder innenfor dette delte ansvarsområdet; hvordan én part organiserer sin tjeneste vil påvirke bruken av en annen del av tjenesten. Dette er det lite kunnskap om i dag.

I dag er Zakariassen hovedveileder for to ph.d.-stipendiater ved UiB med tema innenfor problemområdet beskrevet over. Han er også medveileder for en stipendiat ved UiO.

Zakariassen disputerte i 2010 ved Universitet i Bergen. Ved siden av sin stilling som fagsjef for forskningsseksjonen i Stiftelsen Norsk Luftambulanse er han også forsker ved Nasjonalt kompetansesenter for legevaktmedisin og førstemanuensis ved Universitetet i Bergen, en stilling som er finansiert av SNLA. Zakariassen har per. 01.01.2016 publisert 21 vitenskapelige fagfellevurderte artikler i internasjonale tidsskrifter, hvorav åtte av dem som førsteforfatter.